Les programmes cadres européens ne représentent qu'une faible partie des fonds alloués à la recherche dans chaque pays : au moment du lancement du 6e PCRD ces sommes représentaient environ 5% des crédits de recherche en France. Mais leur influence était déjà beaucoup plus grande. D'abord symboliquement, il y avait l'impact des laboratoires sélectionnés pour faire partie des réseaux d'excellence. Ils constituent un label, accordé par des commissions d'experts en toute opacité, qui permettent aux heureux élus de postuler aux grosses sommes allouées aux programmes intégrés, constituant ainsi une « aristocratie scientifique » selon les critères de Bruxelles. Ensuite, de nombreux bailleurs de fonds, les régions par exemple, exigeaient que les laboratoires présentent des programmes s'inscrivant dans le cadre du 6e PCRD. Les États et surtout les régions, sont en effet encouragés à se servir du modèle de ce PCRD pour concevoir leur politique de la recherche. En France tout un arsenal de réformes structurelles de la recherche a été mis en place dans cet objectif qui, pièce à pièce, conduisent à une mise de la recherche scientifique publique sous tutelle des entreprises privées, y compris avec leurs critères de gestion ou management, dans la droite ligne des recommandations de l'ERA, elles-mêmes d'ailleurs conformes à celles de l'OCDE :
– Réforme des enseignements (LMD), qui a fragilisé le tissus national de l'enseignement supérieur ;
– Puis, sous le quinquennat du président Sarkozy, loi sur l'autonomie des universités (LRU), qui a fortement augmenté cette fragilité et poussé les universités à rechercher des appuis financiers auprès des industries régionales ;
– Crédits récurrents de la recherche diminués au profit de contrats divers, puis quasiment supprimés et remplacés à la fois par des contrats entre laboratoires de recherche et entreprises et par des appels d'offre publics dont la majorité est ciblée vers des recherches-innovation, lancés par une Agence Nationale de la Recherche (ANR) créée en 2005 ;
– Enfin, méthode d'évaluation des laboratoires portant sur le nombre de publications, de brevets et de perspectives d'innovation, et qui fait dépendre la note des laboratoires, donc la carrière de leurs chercheurs, de la bonne mise en œuvre de ces critères qui n'ont rien de scientifiques.