Intégrer des résultats des sciences des systèmes complexes ne conduit pas cependant à récuser les résultats obtenus par les paradigmes non complexes, mais à les intégrer dans une pensée beaucoup plus vaste, qui implique une révolution globale de la pensée, qui rejoint et intègre aussi la pensée complexe d'Edgar Morin. Ces concepts ne fonctionnent ni comme des lois, ni comme des métaphores générales qu'il suffirait de plaquer sur telle ou telle réalité. Ils peuvent fournir des analogies pour faire des hypothèses dans le cadre du choix initial. Celles-ci seront souvent plus plausibles que celles qui reposent sur le raisonnement linéaire, mais elles restent toutefois à démontrer, (si c'est possible) ou en tous cas, il faut se souvenir que ce sont des hypothèses, tout comme celles qui émanent de la pensée linéaire que nous ne trouvons évidentes, qu'à cause de notre éducation (voir aussi Les dangers de l'évidence, le principe de tiers exclu).
Enfin ce point de vue implique, nécessite très souvent, une pluralité d'approches. De même qu'il faut parfois faire le tour d'une sculpture pour en avoir une idée complète, de même il est fréquent qu'une seule méthode soit insuffisante pour percevoir toute la complexité d'un système. Les approches analytiques restent utiles dans la panoplie des méthodes, mais cessent d'être les seules envisageables. Toute modélisation étant par nature simplificatrice, il est utile de recourir, lorsque cela s'avère possible, à plusieurs modèles pour couvrir un plus grand spectre des propriétés du système, ou à plusieurs systèmes pour mieux cerner les propriétés d'un processus. Cette pluralité empêche une utilisation dogmatique et stérilisante de la pensée du complexe, mais elle conduit aussi à admettre, ce qui n'est pas sécurisant, l'incomplétude fondamentale d'une démarche complexe.