Le débat sans issue entre les tenants des différentes acceptions du mot émergence, est donc sous-tendu depuis son origine par des positions philosophiques différentes, une idéologie différente. Comme le note Laurent Jaudoin :
Le concept d'émergence a d'abord été élaboré afin d'obtenir un compromis entre deux ontologies extrêmes : une ontologie moniste et matérialiste, donc réductionniste, où il n'y aurait que des éléments matériels et leurs propriétés, et une ontologie dualiste, donc antiréductionniste, où il y aurait la matière mais aussi l'esprit […] Il y a donc plusieurs questions épistémologiques associées à la notion d'émergence. […] Il va donc de soi que les débats à propos de la notion d'émergence ont été nombreux et se poursuivent encore aujourd'hui. (1)
Ma position, on le voit, consiste à penser qu'il existe une ontologie moniste et matérialiste non réductionniste associée à la notion d'émergence.
Les scientifiques restent souvent matérialistes par leur pratique mais, refusant la dialectique pour des raisons idéologiques (2) ils sont facilement entraînés sur des positions réductrices de la complexité. Inversement, la pratique scientifique peut aussi influencer les positions idéologiques. Ainsi, sans que mes observations n'aient de valeur statistique, j'ai pu observer que les physiciens (de physique statistique, ceux qui étudient les systèmes dynamiques non-linéaires), revendiquent hautement le concept d'émergence dans l'acception que j'ai caractérisée comme dialectique et matérialiste. Parmi les informaticiens, en revanche, ce sont ceux qui manipulent les simulations de systèmes complexes sur ordinateur qui ont le plus tendance à lier émergence et inattendu. (Et il est vrai que ce qu'ils découvrent sur leurs écrans est le plus souvent inattendu !). Ceux-là vont négliger les systèmes non-linéaires simples, considérés comme non émergents donc non complexes, au profit de systèmes très compliqués où l'inattendu sera au rendez-vous sur leur ordinateur.