D'une part, elle est difficile à pratiquer et demande un temps long pour que les acteurs puissent faire mieux que se côtoyer en juxtaposant leurs qualifications, temps long qui est le plus souvent refusé par les politiques de la science actuelles, qui prônent pourtant la pluridisciplinarité (1) (voir La société et l'économie de la connaissance).
D'autre part, les institutions (notamment les commissions de recrutement des chercheurs) sont organisées sur une base disciplinaire et, en dépit de sollicitations diverses, gardent farouchement leurs pré-carrés. Il s'en suit quelquefois que des mathématiciens, des informaticiens ou des physiciens sont amenés à s'emparer seuls de questions relevant des sciences humaines ou d'économie, voire de biologie. Ces études, pour pertinentes et intéressantes soient-elles ne diffusent pas auprès des chercheurs de ces disciplines, qui restent étrangers aux apports et aux démarches des sciences du complexe. Cela ne contribue évidemment pas à lever les obstacles épistémologiques que rencontre le passage des concepts entre les disciplines.
En France, le Réseau National des Systèmes complexes (RNSC), s'est bâti sur l'idée qu'il existe des lois des systèmes complexes, génériques, c'est-à-dire indépendantes de la nature des éléments, mais dépendant de celle de leurs interactions.
La mission du RNSC est de rassembler tous les acteurs qui souhaitent contribuer au développement de la science des systèmes complexes au-delà des barrières institutionnelles, disciplinaires et géographiques. […] Le RNSC offre ainsi la possibilité aux chercheurs venant de différents horizons de travailler ensemble sur la problématique des systèmes complexes. (2)
(2) Vu à http://rnsc.fr/tiki-index.php, page disparue
Ce qui paraît certain c'est que si transposition, donc transdisciplinarité, il peut y avoir, ce ne peut être ni n'importe comment, ni de n'importe quoi. Ainsi, un examen des thématiques des réseaux affiliés au RNSC, ou des thèmes exposés lors des congrès internationaux des systèmes complexes organisés par le Réseau européen des systèmes complexes, montre que cette transversalité reste limitée la plupart du temps à l'informatique ou aux mathématiques appliquées à une question complexe à l'intérieur d'un champ disciplinaire classique (3). Ce qui est transposé, c'est moins la problématique, (qui est cependant transformée par le choix de rechercher un système), que les méthodes pour l'aborder.
(3) Par exemple : Architecture et Dynamique des chromosomes ; Approche Enactive pour la Gouvernance de Systèmes Socio-Techniques ; Des modèles graphiques pour mieux comprendre les phénomènes et interactions multi échelles en science de l'aliment : Réseaux Bayésiens Hiérarchiques pour Données Omiques ; Dynamique de la Biodiversité sur des Réseaux Écologiques Spatiaux. Dans la même optique ce stage proposé récemment « Le collectif MAPS (programmation multiagents spatialisés) vise à promouvoir les sciences de la complexité au sein de la communauté des doctorants et des chercheurs en SHS et propose depuis 2009 des écoles de formation ».